Permettono la ricerca e l’identificazione di Batteri, Miceti e Parassiti patogeni per l'uomo. Vengono anche eseguiti i saggi di sensibilità ai farmaci antimicrobici (antibiogrammi), i cui dati costituiscono la base per la scelta clinica della terapia antimicrobica più efficace.
L'introduzione di strumentazione automatica, anche in questo settore, ha consentito di eseguire in modo più rapido e sicuro molte indagini batteriologiche.