Le Intolleranze (o Ipersensibilità Alimentari) si differenziano dalle allergie alimentari vere e proprie perché non producono shock anafilattico e di solito non rispondono ai tradizionali test allergici cutanei.

Esse derivano dall'impossibilità dell'organismo di digerire un dato alimento a causa di difetti metabolici, che possono essere causati dallo stile di vita (scarsa masticazione, errate combinazioni alimentari, ecc.), o da stati emotivi alterati, oppure possono essere scatenate dall'assunzione di antibiotici.

Originano a livello intestinale, avendo come presupposto un'irritazione della mucosa di tale distretto, ma non provocano produzione di anticorpi e raramente hanno come effetto la produzione di istamina. Possono però innescare manifestazioni allergiche quali: allergie ai pollini, agli acari o al contatto di tessuti, metalli, ecc. Molto spesso nella pratica clinica, infatti, si riscontrano situazioni allergiche di modesta entità che però, a causa della concomitante presenza di Intolleranze Alimentari, producono manifestazioni importanti, soprattutto respiratorie.

Le Intolleranze Alimentari si manifestano quasi sempre con una sintomatologia generale più o meno sfumata (stanchezza, cefalea, gonfiori addominali postprandiali, infezioni ricorrenti, dolori articolari, ecc.) o con modificazioni cutanee (pelle secca, eczemi, orticaria, ecc.); spesso sono correlate a disordini del Peso Corporeo, sia in eccesso che in difetto.
Esse sono riconducibili all'accumulo nel tempo delle sostanze responsabili di ipersensibilità, fino ad un livello che ad un certo punto supera la "dose soglia". A causa di questo periodo di latenza, spesso risulta difficile accettare e comprendere come si possa "improvvisamente" diventare Intolleranti ad un cibo che si è soliti introdurre quotidianamente o meglio pluriquotidianamente (frumento, olio di oliva, latticini, ecc.).
Queste reazioni, inoltre, non sono sempre immediate ma si presentano da 1 a 36 ore dopo l'assunzione del cibo in questione. Per ottenere un miglioramento del quadro sintomatologico, è necessario astenersi rigorosamente per almeno 2-3 mesi dall'assunzione del cibo incriminato - anche nelle sue forme nascoste (es. siero di latte nel prosciutto cotto) - ed anche dall'assunzione di cibi che possono generare reazioni crociate (es. latticini - carne di manzo).